Episode 1 : La nuit des Sentinelles (partie 1)

Jubilee, une jeune mutante qui peut détruire des outils électroniques est rejetée par ses parents car ils ont peur de ses pouvoirs. Elle décide de fuguer, mais elle est prise en chasse par une Sentinelle. Heureusement les X-Men sont là pour la sauver. Les X-Men découvrent alors ces Sentinelles qui sont des robots gigantesques utilisés par le gouvernement américain pour éliminer les mutants. Les X-Men décident donc d’attaquer l’industrie où sont fabriquées ces Sentinelles…

Les X-Men attaquent l’industrie des Sentinelles. alheureusement Jubilee a été capturée et Morph est mort durant la bataille. Wolverine reproche à Cyclope de ne pas être un bon leader, ce qui créer des tensions au sein des X-Men. Les X-Men réussiront-ils à oublier cette histoire pour mener à bien leur mission ?

Episode 3 : Danger immédiat

Cet épisode marque le début de l’apparition de Magneto dans la série.
Le Fauve est en prison car il s’est fait capturer. Magneto tente alors de le sauver.
Magnéto à des projets sombres envers l’humanité. C’est la guerre qui commence!

Episode 4 : Réunions mortelles

Au moment où le Professeur Xavier tente d’arrêter Magneto dans sa destruction, Dents de Sabre infiltre l’école des X-Men et combat Wolverine.

Episode 5 : Haut les cœurs

En route pour un dîner romantique, Cyclope et Jean Grey se font capturer par un groupe de mutants. Ces mutants vivent cachés dans les égouts à l’abri des humains et se font appeler les "Morlocks". L’équipe des X-Men va tout faire pour les délivrer. Cet épisode marque l’apparition de Cable.

Episode 6 : La vengeance

Wolverine a quitté les X-Men a cause d’une confrontation avec Cyclope. Il se retrouve dans le grand nord canadien. Wolverine rencontre alors une tribu qui le recueille dans leur village mais Dent de Sabre le suivait et prépare un plan diabolique.

Episode 7 : L’île des esclaves

Après toutes ces aventures, Gambit, Jubilee, et Tornade décident de partir en vacances dans une île paradisiaque du nom de Genosha où les mutants sont très bien accueillis. Malheureusement arrivés là-bas ils se font capturer. Ils découvrent alors que Genosha est un vaste camp où les mutants sont forcés de construire des Sentinelles. Leur rêve de vacances tourne alors au cauchemar !

Episode 8 : La menace

Les X-Men retournent à l’Institut Xavier, mais à leur arrivée l’école est détruite et le professeur Xavier est parti! Wolverine part alors à la recherche du professeur. Les X-Men suspectent un géant russe du nom de Colossus d’avoir détruit l’école ; mais il s’avère ne pas être le coupable de cet acte envers l’école. Colossus est arrêté par la police. L’équipe découvre alors que c’est un mutant au pouvoir énorme se nommant Le Fléau qui est à l’origine de ces destructions! La bataille est lancée!

Episode 9 : Sauve qui peut

Dans cette épisode, les X-Men sont sur de mystérieuses recherches du docteur Adler. Ce scientifique fait de nombreuses expériences visant à rendre les mutants en humains. Malicia pense que cette expérience est une opportunité pour elle de devenir humaine et décide de s’en aller voir le docteur Adler.

Episode 10 : L'Apocalypse

L’immortel mutant Apocalypse terrorise le monde avec ses cavaliers de l’Apocalypse car il utilise la machine du docteur Adler à faire évoluer les mutants. Le premier mutant victime de cette expérience est Warren Worthington qui voulait qui s’est fait duper par Apocalypse en voulant devenir un humain. Les X-Men se dirigent alors sur l’île où se trouve Apocalypse pour le stopper.

Episode 11 : L'avenir (1)

Bishop, un mutant venu du futur, prévient les X-Men d’une terrible menace qui risque d’arriver. En effet, Magneto va faire un attentat contre le sénateur Kelly, ce qui pourrait changer l’avenir en provoquant un terrible désastre.

Episode 12 : L'avenir (2)

Magneto va assassiner le sénateur Kelly à Washington. Les X-Men vont à la Maison Blanche afin d’empêcher Magneto de provoquer un désastre.

Episode 13 : La décision

Les Etats-Unis sont soumis à une vague de colère anti-mutante après l’enlèvement du sénateur Kelly.
Les Sentinelles créées par un mystérieux homme se rebellent et ont des plans démoniaques. Les X-Men partent à la recherche de cet homme pour arrêter les Sentinelles.